Florian Keller begann seine Laufbahn in den Jugend-Mannschaften des SB Rosenheim, ehe er ab der Saison 1994/95 für das DEL-Team der Starbulls Rosenheim auf dem Eis stand. 1996 wechselte er zu den Adlern Mannheim, mit denen er im gleichen Jahr die Deutsche Meisterschaft gewann, ehe er bei den Augsburger Panthern anheuerte.
Zwischen 1998 und 2002 spielte Keller für den EC Bad Tölz in der 2. Bundesliga, bevor er in der Saison 2002/03 mit den Eisbären Berlin sein DEL-Comeback feierte. Mit den Eisbären wurde Keller 2005 Deutscher Meister, wechselte zur dann Saison 2005/06 nach Ingolstadt und schloss sich zwei Jahre darauf den Nürnberg Ice Tigers an.
In seinen insgesamt 17 Profi-Jahren absolvierte der gebürtige Münchener insgesamt 779 Spiele (189 Tore) und trug zudem 30 Mal das Trikot des deutschen Nationalteams.